（二）总体设想
针对目前中国环境管理体制中存在的主要问题和新形势的要求，中国环境管理体制需要重点从以下五个方面加强改革，具体包括：新一轮机构改革、完善管理机制、强化法制实施配套经济政策、加强环境执政能力建设以及信息公开和公众参与。
第一，环保机构的改革是环境管理体制改革的核心内容。应本着“综合决策、执法监督”的基本职能和“国家监察、地方监管、单位负责”的基本原则，建立高效的管理机构。首先，为了加强统一监督管理，避免资源管理部门和环境管理部门之间职能交叉、互相扯皮的现象，应该将资源管理部门的环保职能分离出来，归环境管理部门统一监管；其次，国家环保总局要加强对区域和地方环保部门的监管和指导，形成区域环境监管体系和中央－地方半垂直的管理体系；最后，为了落实节能降耗和污染物减排目标的实现，要将目标分解落实到各企业单位，形成目标责任制。
第二，机制问题是环境管理体制创新的另一个主要方面。环境管理机制包括完善的综合决策机制、科学的干部绩效考核机制和有效的监督机制。
第三，法律法规和经济政策是环保部门行使职能的主要依据。必须通过加强立法，赋予环保部门行政强制权，对违法行为给予严重处罚等措施强化环保法制。除行政手段外，经济手段是环境管理中一种有效的基本措施，但目前中国环境经济政策尚处于起步阶段。为此，要建立和完善配套的经济政策。
第四，除了具备上述机构、机制、法制保障和经济政策外，还需要全面加强环境执政能力建设，包括综合决策能力、执法监督能力、应急监测能力、协调管理能力、科学技术能力等五个方面。先进的环境监测预警体系、完备的环境执法监督体系和高素质的人才队伍，是做好环保工作的根本保证，也是各级环保部门的立足之本。
第五，动员全民投身环境保护事业是环境保护的发展趋势和必由之路。因此，必须推进信息公开，及时向社会公布政府负责的环境质量监测信息以及其他相关信息和企业排污状况；要保障公众的环境权益，包括环境知情权、环境监督权、环境索赔权和环境议事权，促使政府和企业规范自身的环境行为，使企业采取积极措施尽可能减少环境问题发生。
（三）实施新一轮环保机构改革
1. 成立统一的资源环境监管部门
根据国外的经验，为了稳定推进环境保护统一监管体制的建立，首先要建立一个统一、权威、高地位的管理部门。目前，中国国家环保总局与其他资源管理部门相比，其地位和权力均不足以肩负起统一监管的责任。鉴于中国资源管理部门和环境管理部门职能交叉现象比较严重，可以将分散于国家林业局、农业部、水利部等其他资源管理部门中的环境管理职能集中起来，统一归国家环境保护总局行使，提高国家环保总局的地位。建议抓住当前国家机构改革的有利时机，积极推进“环境部”或“环境保护部”的成立。由没有部门利益色彩、只代表国家利益的环境保护行政主管机构依据法律，代表国家统一考虑环境保护决策，可以避免部门利益对国家环境保护工作的干扰，抑制部门间的利益冲突，防止环境保护法出多门、政出多门、令出多门，从而最大限度地保证国家和广大人民的利益不受侵害。
2. 成立跨部门的环境管理协调机构
考虑到环境问题综合性和复杂性的特点，要想高效地进行环境管理，必须设置跨部门、高规格的环境管理协调机构。国外的许多实践也已经证明，这种跨部门、高规格环境管理协调机构的设置对环境保护事务的有效开展起着不可估量的重要作用。在国家层面，这种跨部门协调机构的形式应该是非常设的国务院环境保护委员会。委员会主要负责协调解决下列问题：（1）部门间、行业间、地区间、企业与社会间有关环境保护的各种利益关系；（2）经济开发主管部门的眼前和短期目标与国家环境保护的长期目标之间的矛盾和冲突；（3）超出环境行政主管部门的职能范围，进而影响环境保护政策的最终制定和执行的问题；（4）制定环境保护与经济发展相协调的环境政策，促进可持续发展中各部门的协同作用；（5）保证制定行业和部门规划时，充分考虑规划的环境影响。
3. 成立跨区域的环境管理协调机构
由于酸雨污染、流域水污染、海洋环境污染、生物多样性等环境问题具有很强的地域空间整体性，不受行政辖区界线的限制。因此，解决这些问题的根本途径，是设置相应的强有力的跨区机构，尤其是强有力的流域环境管理机构。目前，国家环保总局根据中国环境问题的区域性设立了五个督察中心，分别是华东环境保护督察中心、西北环境保护督察中心、东北环境保护督察中心、华南环境保护督察中心和西南环境保护督察中心。这五个督察中心作为总局派出的执法监督机构，是总局直属事业单位。受总局委托，督察中心在所辖区域内承担相应的职责。督察中心成立以来，切实及时处理了一批突发性的环保事件，在打破地方保护主义、安定受害群众情绪、维护社会稳定等方面，起到了不容忽视的作用。
然而，由于五大督察中心成立时间较短，其机构设置、地位、职能范围等方面存在弊端，导致督察中心的职能难以有效发挥。为了使督察中心真正发挥其环境监管作用，首先，应该保障中心机构的能力建设和经费支持，增加人力投入，扩大人员编制，逐步健全中心机构设置。其次，要明确其与地方环保主管部门之间的关系。在出现流域性、区域性重大环境问题时，地方环保主管部门应该听取督察中心的指导和安排。最后，要在现有职责基础上扩大其职责范围。目前，督察中心的职责主要是督察、协调政府环境管理的行为。在此基础上，应赋予督察中心对流域、区域环境进行管理的职能，使其能够真正发挥跨区域协调管理的作用。
4. 完善中央到地方的管理体制，加强基层环保机构建设
环境问题兼具整体性和区域性的双重特点，环境管理应坚持宏、微观并重的原则。然而，在中国环境管理的现实中，宏观方面尚有待加强，而微观方面却严重不足。因此，我国环境管理体制的改革与创新，除了横向统一监管之外，另一个重要的问题是完善从中央到地方的管理体制，加强地方环保机构的建设。
1）合理划分中央与地方环境事权。根据中国的《环境保护法》，地方政府应对辖区的环境质量负责。目前，从中国的政府行政管理体制来看，地方环境保护部门完全从属于地方政府，而地方经济发展的优先考虑，致使国务院制定和颁布的环境政策往往难以实施到位。而且，许多环境问题是跨区域的问题，地方政府不可能对辖区的环境质量完全负起责任。为提高环境管理效率和避免管理“越位”、“同位”、“缺位”、“错位”等现象，必须合理划分中央与地方的环境事权，明确中央政府与地方政府的职责，找出职责的合理边界和权限的合理比例。中央一级的环境管理主管部门应按照其职责范围调整管理权限，并适当发挥地方政府的主动性和能动性。例如，水体污染控制、污水处理和废物处置可以完全交由地方来做，而中央负责跨界污染问题。这样一来，中央一级政府可以放下很大的“包袱”。另一方面，为减少或消除个别地方政府的“寻租”机会和地方保护主义的影响，避免管理“缺位”，应将一定的环境许可权限提高一级。例如，减少区县或市的环境机构许可权限，或对其进行机构改革，实施垂直管理。
2）加强基层环保机构建设。目前，我国“一些地方的环境质量仍在恶化”，“部分地区生态破坏的程度还在加剧”，“环境污染和生态破坏在一些地区已成为危害人民健康、制约经济发展和社会稳定的一个重要因素” 。造成这一局面的因素众多，忽视基层机构建设便是其中之一。在当前的政府机构改革中，县区级基层环境管理机构面临着存亡之忧，甚至连其设置的必要性都受到了某些置疑，足见忽视程度的严重性。鉴于我国目前的环境状况，县级环境管理机构只能加强而不能削弱。加强县级环境管理机构建设，将有利于环境监督管理的强化、环境保护法律、法规的贯彻和遵守以及环境法制观念的增强。 至于乡镇级环境管理机构，更是防治环境污染和生态破坏的主战场。尤其是乡镇企业的迅速发展，对我国的基层环境管理工作更是提出了严峻的挑战和更高的要求。一些乡镇企业较多的经济发达地区根据自身特点，提出了一系列旨在加强乡镇环境管理机构建设的主张。一方面，根据实际需要和可能进行机构设置改革。在乡镇政府内设专职或兼职环境保护助理负责环境监督管理，农工商总公司设专职或兼职环境保护员负责公司内部污染防治；设立由分管乡镇领导兼主任、环境保护助理主持工作的环境保护办公室。另一方面，加强现场执法监督和检查，强化依法监督和服务职能。在环境保护任务重且具备条件的乡镇，建立相应的环境监测分站或环境监理所作为县（市）环境保护局的派出机构，担负监测和监督双重职责，以完善环境监测和环境监理网络建设。有关这些机构的各项事宜均隶属有关县（市）与乡（镇）充分商讨决定。它们属于乡镇并接受县（市）环境保护局的业务指导，在性质上属于列入事业编制的单位并允许“以所（站）办厂、以厂养所（站）”实现经费“自收自支” 。以上这些主张已经在一些地区得以实施并收到了较好的效果。
（四）完善环境保护管理机制
1. 完善环境与发展综合决策机制
环境问题产生的原因之一，是经济和社会发展的决策过程中没有充分考虑环境影响，使经济发展和环境的承受力失调。因此，为了保障国家环境安全，必须把环境与发展综合决策放在非常重要的位置，特别是建立环境与发展综合决策机制，即通过建立并实行一套程序和制度，使环境保护能够在一定程度上参与审议有关对环境具有重大影响的经济和社会发展的决策过程，并提出相应的环保对策建议，为决策部门参谋环境事务。国务院发布的《关于环境保护若干问题的决定》规定：各级政府在进行经济、社会发展的重大决策中，必须对环境保护与经济社会发展加以全面考虑、统筹兼顾、综合平衡、科学决策。在制定区域开发和资源开发、城市发展、行业发展等宏观规划，调整产业结构、调整产品结构、制定产业政策、进行生产力布局和资源优化配置等经济建设和社会发展政策和计划时，应考虑环境和资源的承载能力。因此，实施环境与发展综合决策的内在要求是：
1）在政策制定、规划、管理的各个层次上，加强对环境与发展问题的综合决策。在制定产业政策和进行产业结构、产业布局调整时，保障环境保护主管部门的参与，并充分考虑环保部门提出的意见和建议。
2）各级领导干部和综合决策部门应该认真贯彻实施可持续发展战略，遵循经济、社会与环境协调发展原则，遵循生态规律和自然规律以及防治结合、综合整治的原则。
3）建立健全的环境政策体系、环境法规体系和环境资源管理制度体系。强化环境资源的考察、调查、评价、信息、统计、监测、登记许可、现场检查等各种监督管理制度，加强行政监督管理和执法，从行政管理组织和法律制度上保障综合决策的实施。
4）建立完善综合决策的法律保障机制。颁布完善环境保护的法律法规，把环境保护建立在法制的基础上，不断完善环境法律体系，严格执法程序，加大执法力度，保证环境法律法规的有效实施。为了做好综合决策，各级人民政府应该建立重大决策的环境影响评价制度、决策科学咨询制度、决策的部门会审制度、决策的公众参与制度、决策的监督与责任追究制度、决策的教育培训制度等有关的综合决策制度。
5）建立完善战略环境影响评价制度。环境与发展综合决策的主要途径是实行对重大决策进行环境影响评价的制度，包括对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济和流域开发计划进行环境影响评价，在重大决策的研究和论证阶段，进行环境审议。对于国民经济和社会发展计划和规划、综合经济政策、产业发展政策、自然资源开发规划方案、区域开发规划等具有全局性影响的决策过程，更要加强环境综合评价，特别是提高评价的科学性。
